针灸免疫研究室原为免疫生化室，于 1980年创建，由陈汉平任室主任。1984年免疫与生化分成两个研究室，针灸免疫研究室由赵粹英任主任。其任务是：研究针灸与免疫，以及针灸治疗免疫性疾病的机理。2003年起吴焕淦任研究室主任（兼），施征任研究室常务副主任。2008年起刘慧荣担任研究室副主任、主任。运行有国家中医药管理局针灸免疫效应重点研究室、国家中医药管理局针灸免疫三级实验室等平台。在针灸治疗炎症性肠病（溃疡性结肠炎和克罗恩病）、肠易激综合征等肠腑病症的临床与基础研究方面取得了大量成果；在、针灸治疗慢性萎缩性胃炎、桥本甲状腺炎，以及针灸延缓衰老、针灸抗肿瘤、针灸治疗癌因性疲乏等领域也取得显著成果。主持完成国家973计划项目、国家自然科学基金项目等国家级项目50余项，在柳叶刀子刊eClinicalMedicine 、JAMA Netw Open 、Pain 、International Journal of Biological Sciences 等杂志发表学术论文300余篇。获2013年度国家科技进步二等奖1项，2012年度和2017年度上海市科技进步一等奖各1项，2012年、2019年度和2025年度国家教育部科技进步奖一等奖各1项、中医药国际贡献奖科技进步二等奖、上海市针灸学会科学技术一等奖等科技奖，入选2022年度中医药十大学术进展。科室成员享受国务院政府特殊津贴专家3人次，国家“973计划”项目首席科学家2人次，入选国家百千万人才工程1人次，获中国青年女科学家奖1人次，中国青年科技奖1人次，岐黄学者、青年岐黄学者各1人次，上海市领军人才2人次，上海市名中医2人次，上海市青年科技启明星3人次等各级人才项目。