针灸神经生物研究室原为临床研究室，2003年更名为生理研究室，2008年改为现有名称。2000年前由郑蕙田担任研究室主任，2000年后由汪司右担任研究室主任。2016年至今由徐鸣曙担任研究室副主任。本研究室下设2个实验室，分别为：脑神经生物实验室和分子生物学（针灸）实验室，均为国家中医药管理局三级实验室。
      脑神经生物实验室的主要研究方向为针灸治疗慢性排尿障碍（尿道综合征或尿频尿急综合征、压力性尿失禁等）和缺血性中风的临床及实验研究。迄今先后承担国家自然科学基金项目1项，国家中医药管理局课题2项，上海市科委课题5项，上海市卫生局课题6项，上海市教委课题3项。获国家中医药管理局科技进步二等奖1项，上海医学科技三等奖1项。在国内外期刊上发表论文90余篇，其中SCI论文10余篇。研究成果得到国内外医学界的认可。
      分子生物学（针灸）实验室聚焦针灸机理现代化阐释、中西医多学科交叉科研、专业人才培养、针灸科研成果转化的专项科研实验室。长期围绕针灸防治呼吸系统疾病的效应机制与转化应用开展研究，重点聚焦支气管哮喘等慢性气道疾病。综合应用现代分子生物学、细胞生物学、神经生物学、免疫学、多组学技术，系统阐明针刺抗哮喘的效应物质基础、关键生物过程和作用靶标。实验室先后承担国家自然科学基金项目20项、上海市科委课题12项、上海市卫生局课题10余项、上海市教委课题10项；获得国家发明专利10项，发表SCI论文60余篇，出版学术专著8部，获国家中医药管理局科技进步二等奖1项、上海市科学技术进步三等奖1项。实验室相关研究推动了针灸经验效应向现代生命科学机制和疾病治疗新靶标发现的转化，为针灸学科现代化和中医药原创创新发展提供了重要学术支撑。